Cuando los turcos tomaron Constantinopla, en 1453, convirtieron Santa Sofía en mezquita. Además de rodearla de cuatro minaretes, eliminaron las pinturas, destruyeron los mosaicos y sólo respetaron las placas de mármol que cubrían el interior del templo.
En la actualidad, Santa Sofía funciona cono museo arqueológico. En el se conservan valiosas piezas de arte bizantino, helenístico y turco.